• Latest news

Древние вирусы могут помочь убить рак

21 сентября, 2019  22:14

ДНК «перекликается» с вирусами, которые заразили наших предков миллионы лет назад, и может помочь иммунной системе идентифицировать и уничтожать раковые клетки, пишет MedicalXpress.

В новом исследовании, опубликованном в Genome Research, рассматривались «эндогенные ретровирусы», фрагменты ДНК в геноме человека, оставленные вирусами, которые заразили наших предков.

За миллионы лет наши предки были заражены бесчисленными вирусами. Примерно 8 процентов человеческого генома состоит из ретровирусной ДНК, в то время как известные гены составляют всего 1-2 процента.

«Эта вирусная ДНК обычно находится в состоянии покоя, поскольку она либо не функционирует, либо наш организм эволюционировал для ее подавления», - объясняет руководитель исследования, доктор Джордж Кассиотис. «Однако, когда клетка становится раковой, некоторые из этих механизмов подавления могут выйти из строя, и эта древняя вирусная ДНК может быть реактивирована. В этом исследовании мы искали вирусную ДНК, которая реактивируется раком и производит продукты, которые может видеть иммунная система. Мы надеемся, что если мы сможем обучить иммунную систему распознавать их, то сможем избирательно воздействовать на раковые клетки».

Гены - это кусочки ДНК, которые содержат инструкции по выработке белков, которые выполняют важные функции в клетке или организме. Эти инструкции транскрибируются в молекулы «мессенджера» РНК до образования белков. Однако на этот процесс транскрипции может влиять ДНК вне гена, включая эндогенные ретровирусы.

Чтобы изучить влияние эндогенных ретровирусов на транскрипцию, команда исследовала образцы пациентов c 30 различными типами рака, используя технологию под названием «RNASeq», которая может считывать короткие случайные фрагменты РНК. Однако, поскольку каждое «чтение» доставляет только небольшую часть последовательности в неизвестном порядке, требуется до 50 миллионов «чтений» на образец, чтобы выстроить полную картину транскрипционной активности.

Команда использовала данные секвенирования РНК из 768 выборок пациентов, с почти 40 миллиардами операций чтения. Даже при использовании сложных алгоритмов компьютер должен постоянно работать в течение 24 лет, чтобы объединить эти данные. Чтобы значительно ускорить процесс, исследователи обратились в специализированную команду Crick по научным вычислениям. Проведя анализ внутреннего кластера высокопроизводительных вычислений, они получили результаты гораздо быстрее.

На основании полных данных транскрипции команда разработала каталог из более чем 130 000 различных транскриптов РНК, продуцируемых эндогенными ретровирусами, более половины из которых ранее не были обнаружены. Из них было около 6000 транскриптов были конкретно обнаружены в образцах рака, а не в здоровых тканях. Многие из них были специфическими для типа рака, причем большинство отдельных видов рака экспрессировали высокие уровни нескольких сотен транскриптов.

«Мы сосредоточились на специфических для меланомы транскриптах и применили алгоритм для прогнозирования, который может кодировать материал, видимый для иммунной системы», - объясняет Джордж. - «Мы нашли 14 кандидатских транскриптов из 8 различных областей генома, которые могли бы продуцировать уникальные антигены рака. Вместе с командой Proteomics в лаборатории Крика и Николы Тернетт в Оксфорде мы проверили данные масс-спектрометрии, чтобы увидеть, какие из этих антигенов присутствовали в реальной жизни. Это сузило его до девяти уникальных пептидов, которые могут быть видны для иммунной системы. Мы надеемся, что этот подход мог бы стать основой будущей терапии рака, если мы сможем вакцинировать иммунную систему, чтобы распознавать и атаковать раковые клетки, представляющие эти пептиды».

Следите за NEWS.am Medicine на Facebook и Twitter


 
  • Видео
 
 
  • Календарь событий
 
  • Архив
 
  • Самые читаемые

месяц

неделя

день

 
  • Facebook
 
  • Опрос
Сколько денег Вы готовы ежемесячно жертвовать на реабилитацию психических больных?
2500 драмов
5000 драмов
более 10 000 драмов в месяц
Нисколько